独家|新冠病毒基因测序溯源：警报是何时拉响的——至少九个样本去年底采集送检

原文为财新《独家|新冠病毒基因测序溯源：警报是何时拉响的》（节选）http://china.caixin.com/2020-02-26/101520972.html

至少九个样本去年底采集送检

财新记者证实，与广州微远基因科技有限公司和北京博奥医学检验所几乎是前后脚，还有数家基因测序公司从武汉医院获得了不明肺炎病例样本。这其中包括2019年12月26日从武汉当地医院收到一份基因测序委托的行业“龙头老大”华大基因。12月29日，华大基因对该病例样本完成的基因测序结果显示，病毒与SARS基因序列相似性高达80%，但不是SARS，而是一种之前未有的冠状病毒。华大基因还用他们的SARS检测试剂盒对病例进行检测，结果呈阴性，否定是SARS。

华大基因一位人士对财新记者介绍，他们12月底对不明原因病毒性肺炎病例的样本进行测序时，并不知情这个病毒在临床上已经造成了很多人的感染，甚至已经有同属一个家庭的聚集性感染。“我们是做基因测序的技术公司，每天会接受很多测序的委托，接触大量病毒，也会发现很多新病毒。像冠状病毒就有很多种，之前包括SARS在内也只有六种冠状病毒与人有关，对人感染性比较强的只有SARS和MERS。当时我们并不知道这个病毒是‘好’是‘坏’。”

华大基因与武汉当地医院有着常年合作，据财新记者调查，武汉当地医院2019年12月至少送了超过30例疑难肺炎的病例样本给华大基因委托测序。华大在其中一共发现了三例属于新冠病毒感染的肺炎，除了12月26日这一例，另外两例分别收样于12月29日和30日。他们将三例类SARS的冠状病毒混装，即将三个病毒基因序列片段合在一起形成了一个混装的病毒基因序列。1月1日，三份样本的检测报告上报武汉市卫健委。1月3日，华大基因对三个样本中的病毒都进行了高深度的全基因序列测序。

财新记者查知，截至2020年1月19日，GISAID平台上共上传有13条样本的新冠病毒基因组序列。除去日本、泰国的三条，剩下的10条全部由中国科研单位上传。从样本采集时间看，最早的是前述2019年12月24日采集并由中国医学科学院病原所上传的那一例。还有8个样本是在12月30日采集的，分别为武汉市金银潭医院与湖北省疾控中心（1条）、金银潭医院与中科院武汉病毒研究所（5条）、中国疾控中心病毒病预防控制所（2条）。此外，中国疾控中心病毒病预防控制所还上传了一条2020年1月1日完成采集样本的基因序列。

与之映证，据《湖北日报》报道，12月30日这天，金银潭医院院长张定宇带领大家采集了该院最早收治的7名病人的支气管肺泡灌洗液，并送往中科院武汉病毒所进行检测。

以行业平均检测周期三天来算，到1月2日左右，上述8个12月30日采集样本的基因测序结果应该已经得出。中科院武汉病毒所在一封公开信《武汉病毒所全力开展新冠病毒肺炎科研攻关》中曾称，12月30日晚病毒所收到金银潭医院送来的不明肺炎样本，72小时攻关后，于2020年1月2日确定新冠病毒的全基因组序列，1月11日上传至GISAID上。

上述《中华医学杂志（英文版）》发表的论文也显示，在2019年12月24日至2020年1月1日这九天内，有五名患者的肺泡灌洗液样本被采集并送去检测分析，并且这五名患者中有两人没有华南海鲜市场接触史。

五名患者中，除上述65岁患者样本，还有三位患者的样本采集时间为2019年12月30日。其中，2号患者是一名在华南海鲜市场工作的49岁女性，她12月22日开始发高烧、干咳，五天后出现呼吸困难并住院，12月29日住进ICU；3号患者同样为女性，52岁，12月22日发病，29日住院，但是她没有海鲜市场接触史；4号患者是一名41岁男性，他12月16日开始高烧、干咳，22日住院——这位也没有海鲜市场暴露史男性显然就是上文在武汉市中心医院就诊的武昌会计；5号患者的肺泡灌洗液样本则是在2020年1月1日采集的，他是一名在华南海鲜市场工作的61岁男性，本人患有慢性肝病和腹部粘液瘤，发烧、咳嗽、呼吸困难持续七天后住进当地一家医院，1月2日开始利用ECMO进行抢救，后不治身亡。

该论文称，一种新型冠状病毒就这样在实验室中被鉴别出来，它与SARS病毒核苷酸序列相似度达79%，在系统发育上最接近蝙蝠所携带的SARS样冠状病毒，但形成单独进化分支的冠状病毒β属毒株序列。在开展了病毒分离进行形态确认与血清学检测后，最终确认新发病原体是一种新型冠状病毒。这种病毒与受体结合的结构域，其氨基酸序列与SARS冠状病毒类似，表明两种病毒可能结合的是人体细胞上相同的受体。

回望2019年12月底至今年1月初的那几天，原本应是决定无数人命运的关键时刻。但彼时，公众对这种病毒日后会引发的后果还浑然不知。

一位基因测序公司人士透露，2020年1月1日，他接到湖北省卫健委一位官员电话，通知他武汉如有新冠肺炎的病例样本送检，不能再检；已有的病例样本必须销毁，不能对外透露样本信息，不能对外发布相关论文和相关数据，“如果你们在日后检测到了，一定要向我们报告”。

1月3日，国家卫健委办公厅发布了一份名为《关于在重大突发传染病防控工作中加强生物样本资源及相关科研活动管理工作的通知》，这份国卫办科教函（2020）3号文称，针对近期武汉肺炎病例样本，依据目前掌握的病原学特点、传播性、致病性、临床资料等信息，在进一步明确病原信息之前，暂按照高致病性病原微生物（第二类）进行管理，相关样本的运输应当按照原卫生部《可感染人类的高致病性病原微生物菌（毒）种或样本运输管理规定》要求进行；病原相关实验活动应当在具备相应防护级别的生物安全实验室开展。

3号文进一步规定，各相关机构应按省级以上卫生健康行政部门的要求，向指定病原检测机构提供生物样本开展病原学检测并做好交接手续；未经批准，不得擅自向其他机构和个人提供生物样本及其相关信息；已从有关医疗卫生机构取得相关病例生物样本的机构和个人，应立即将样本就地销毁或送交国家指定的保藏机构保管，并妥善保存有关实验活动记录及实验结果信息；疫情防控工作期间，各类机构承担病原学检测任务所产生的信息属于特殊公共资源，任何机构和个人不得擅自对外发布有关病原检测或实验活动结果等信息，相关论文、成果发表须经委托部门审核同意。

至于哪些机构属于“指定病原检测机构”，文件并未提及。有病毒学家透露，甚至中科院武汉病毒所都一度被要求停止病原检测，销毁已有样本，“因为按现行《传染病防治法》，开展传染病实验室检测、诊断、病原学鉴定是各级疾病预防控制机构的法定职责，仅有国家和省级的疾控系统机构才有权进行传染病病原学鉴定，中科院武汉病毒所显然不在此列，更何况那些未经授权的商业科研机构”。

或许正因如此，12月30日拿到病毒样本的中科院病毒所，2020年1月1日进行病毒分离，1月2日完成了病毒的基因测序，1月5日分离得到病毒毒株，1月9日完成国家病毒资源库入库及标准化保藏。这些显然日以继夜才能完成的研究工作，迟迟未对外公布，仅仅在2月份面临外界的传言攻讦时，才给出只言片语的披露。

1月9日，央视报道，以中国疾控中心为主的“武汉病毒性肺炎病原检测结果初步评估专家组”确定，病原体为新型冠状病毒，“截至2020年1月7日21时，实验室检出一种新型冠状病毒，获得该病毒的全基因组序列，经核酸检测方法共检出新型冠状病毒阳性结果15例，从1例阳性病人样本中分离出该病毒，电镜下呈现典型的冠状病毒形态。”

1月11日，张永振研究团队将该病毒基因组序列信息共享到“病毒学组织”Virologic.org网站和GenBank上，系全球最早公布该病毒序列的团队。

当日晚，国家卫健委宣布中国将与世卫组织分享新冠病毒基因序列信息。第二天，另外5个来自不同患者的病毒基因组序列由国家卫健委领导的小组在全球共享流感病毒数据库GISAID发布。对于这个向世卫组织分享的新冠病毒基因序列信息到底来自哪家机构？中国疾控中心主任高福回应财新记者称，基因序列来自三方机构，中国疾控中心、中国医学科学院以及中科院三方，此为联合攻关。世卫组织表示，已从中国国家卫健委获得更多有关武汉不明原因病毒性肺炎的详细信息，包括从病例中检测到的新型冠状病毒基因序列信息，这对其他国家开发特定诊断工具有重要意义。

此时再去细究谁第一个摘取了科学皇冠上的珍珠其实并无必要，因为距离第一例基因测序确定新冠病毒，已经过去了15天。

1月11日，停止更新多日的武汉卫健委通报，第一次将“不明原因的病毒性肺炎”更名为“新型冠状病毒感染的肺炎”，称截至2020年1月10日24时，初步诊断有新冠肺炎病例41例。同一天，湖北“两会”召开。至1月17日湖北“两会”结束，这个数字没有增加。