“登上飞机就意味着踏上祖国的国土，不再因战争而流离失所”

至于这条百科全书的条目的权威性，撰写人
郑斌（英语：Bin Cheng，1921年－2019年），香山县人，国际法和航空法专家。伦敦大学学院法学院教授，院长。被国际航空法学界尊称为“航空法之父”

查了下关于航空器法律适用，找到英国的百科全书
https://www.britannica.com/topic/air-law/Acts-and-occurrences-on-board-aircraft
很小的篇幅，但基本涵盖了你想要讨论的所有问题，摘录要点
所谓“航空器即注册国领土”的说法
Although some systems of national law still adhere to the view that ships and aircraft are part of the territory of the state the nationality of which they possess, this is merely a crude metaphor.
无争议领土上航空器的法律适用
As long as an aircraft is flying in the national airspace of some state, the law of that state is applicable. 
东京公约的适用和目的
in 1963 at Tokyo of the Convention on Offences and Certain Other Acts Committed on Board Aircraft, obliging the contracting states to extend their criminal law and jurisdiction to aircraft of their registry when they are outside national territory.

飞行器是注册国的领土，完全是瞎掰，根本没有条约和国内法的支持。
理论上，领土本身就是和主权捆绑在一起的概念，主权是附于领土上的排他性权利，主权行使的范围又反过来确定领土范围。飞行器如果能够成为他国的领土，本国的主权在此区域内就被否定了，签这样的公约目的何在？
退一步，通篇看公约本身，不难看出，其目的大致是解决，飞行器在公海，非任何国家领土上飞行和停靠时的管辖权争议。