近代西方崛起及中国衰落的根源在哪？

　　统治阶级的认识是不是可以上升到民族高度，这要看具体情况。统治阶级对内的剥削和压榨，这方面的认识当然不可以上升到民族高度，因为民族是个整体，少数统治者的意志与多数民众是矛盾和对立的，这样不统一的认识不代表民族。但哲学，科技，社会发展这类东西，统治阶级的认识与民众没有矛盾之处（比如，无论哪次农民起义推翻了旧王朝建立新政权，其诉求基本上都差不多，底层民众并不产生革命性的突破），这方面统治阶级的认识实际上是民族认识的最高水平，当然可以代表民族整体。你的“有待商榷”，其实只是往清晰的道理中参沙子而已。
　　欧洲的科学体系建立，当然要追溯到古希腊思想，文艺复兴之后只是逐渐走向成熟完善。科学的发展水平，不是技术的发展水平，前者是认识，后者是实践应用，对于社会发展而言，突破性的认识远比实践应用更难和更重要,，中世纪的西方远比我们落后，但科学体系的先进性很容易就把这差距反超掉了。
　　对于中世纪，西方自己自有他们的反思和否定，这再清楚不过了，他们并未对祖宗手下留情，只不过最后把方向定在民主自由上有问题，但这属于题外的事了。