Omicron年终天梯榜

以2022年第四季度内上传的全球测序为数据，设置国内流行的BF.7为基线(Baseline)，以相对基线的增长优势(Relative Growth Advantage)的置信区间下限(Confidence Interval Lower Boundary)倒序排列，得到了益生菌19的年终的天梯榜。

关于命名的简介

谨防岁月史书，顺便介绍一下PANGOLIN等命名法 评论 2 国际

关于相对增长优势、有效再生数Rᵗ、“阶”的概念请见

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对比两个多月前的天梯榜

新冠这事可没有“早得早解脱”的说法，看看这个进阶表吧 评论 58 健康

本月出现了大量高阶的新被Pango命名的Omicron变种，已经正式进入8阶的时代了。而被设置为基线的BF.7仅仅是4阶。需要指出的是，“相对增长优势”仅仅考虑了刺突蛋白的受体结合域(RBD)中的12个被认为有增强免疫逃逸能力的位点，作为判断一款变种是否具备造成大流行的能力的前提条件之一，另外一个需要考虑的是与ACE2受体的亲和能力(Binding Affinity)。通常认为一款变异株的受体亲和力如果得到了提升，则它在人体内的突变能力和致病性都会随之上升。

阿肯色州立大学的Raj Rajnarayanan教授做的免疫逃逸与hACE2亲和力的预测

纵轴为相对增长优势，横轴为相对hHCE2亲和能力

如图，增加了hACE2亲合能力的横坐标后，大致可以知道一款变种的传播能力。此图以BA.2为基线(坐标的原点)，纵坐标为一款变种相对于BA.2的增长优势，横坐标为一款变种相对于BA.2的hACE2亲和能力，图中红线为国内流行的四阶BF.7，属于中不溜水平。蓝色圆圈(大约坐标0.7,0.6)为五阶的BQ.1，橙圈(大约坐标0.8,0.8)为进了一阶后的BQ.1.1。图中的右上都是潜在的毒王。由于Jesse Bloom老师在发论文的时候只设定到了7阶，所以以他的论文数据建模的纵轴在超过7阶以后就不太准确了，否则XBB家族应该能再拔高一些位置。另外，由于增加了横轴后不确定的因素也随之上升，所以这个图仅供参考。虽然此图未必准确，但多少可以解释第一款进入8阶的XBB.4.1(左上角)为什么没有能够流行开：它的受体亲和力不够好。

和两个多月前相比，益生菌19趋同演化的大势并没有太多的变化，基本上仍然是XBB和BQ家族的竞争为主线，其中刚刚被分配名称的DP.1(BQ.1.1.8.1)由于测序较少的关系出现了非常夸张的相对增长优势，靠着统计学上的误差(当然也不排除它真的就有这么强)，占据了年终天梯榜的榜首。占据了北美西海岸、欧洲和非洲的BQ家族在全球各地的增长势头正在被XBB超过。占据了北美的东海岸的XBB还在南亚次大陆上发展出了庞大的谱系。进入8阶的XBB.1.5现在是北美增长势头最猛的一款，现在压力来到了据守西海岸的BQ家族。

另一款重组株，XAY家族的测序数量和分支数量都开始爬升，这是一款BA.2与Delta家族的AY.45的重组株，此类德奥合流的毒株通常叫做“德尔塔克戎(Deltacron)”。在南非首先检出的XAY已经在欧洲出现了分化，最新的几个分支的增长优势也很可观。

需要注意的是土澳的XBF，这是BA.5.2.3与CJ.1(BA.2.75.3的分支)的重组株，可能是一款兼具高增长优势和高hACE2亲和力的毒株，由于样本偏小且暂时未在其它地区大量出现，故这一点尚不能石锤，但是无论XBB还是BQ在土澳确实没能压过XBF的增长势头，而土澳的住院人数最近也在创造新高。

此外还有同为BA.2.75.3的分支BM.4的分支CH.1，已经开始在欧洲和新西兰爬升，且出现分化的迹象，不过它是否能与XBB和BQ家族的高阶新锐们竞争还是个未知数。