新冠病毒的自然起源，从美国专家的 “nature” 论文中，我看到了更多的疑问

       作为一个普普通通的地球人，我很想知道，这个席卷全球的新冠病毒是怎么来的？抛开国别、种族等等其他所有因素，我想这个关切到我们每一个地球人的生命权、健康权和知情权。

       目前为止，详细论述新冠病毒自然起源的学术论文，最重要的一篇是发表在 “nature” 上的“”The proximal origin of SARS-CoV-2“

https://www.nature.com/articles/s41591-020-0820-9

       从这篇美国专家的 “nature” 论文中，我反而看到了更多的疑问。本人并不是分子生物学和病毒学专业人士，这里仅做一些自己的分析和判断，抛砖引玉，希望专业人士、各路大神不吝赐教！上面的链接是原版的论文地址；由于篇幅较长，这里就不全部复制内容过来了；涉及到关键的讨论部分，我会引出原文的论述以方便大家论文摘要如下：（如不准确，请指正！） 

        一、通过比较已知冠状病毒株的基因组序列数据，可以确定新冠病毒起源于自然过程，并非人为制造；

       二、病毒起源方式有两种，一是病毒通过自然选择在非人类宿主中进化到目前的致病状态，然后跳到人类身上；在另一种设想中，病毒的非致病性版本从动物宿主跳到人类，然后在人类中进化到目前的致病性状态；

       三、实验室泄漏冠状病毒情况的排除

       文中的第三点是作为最后的一个小篇幅的论证，与上两条在文中并非并列关系；但鉴于本帖的论述中此项对整个论证的的关键性，在这里暂作平行关系的第三条。

      下面分别对第一项和第三项中存在的逻辑问题展开阐述：

       第一部分 

      论文核心：

      Our analyses clearly show that SARS-CoV-2 is not a laboratory construct or a purposefully manipulated virus. 

       中文 

       我们的分析清楚地表明，SARS-CoV-2不是一种实验室结构，也不是一种故意操纵的病毒。

       第一部分，论文重点回应了新冠病毒两个最受质疑为人工干预结果的两个焦点：

       1、基于结构模型模拟和早期生化实验，新冠病毒似乎发生了进化，更易与人类的ACE2受体相结合;

       2、新冠病毒在关键的刺突蛋白（S蛋白）上有一个可疑的酶切位点，并在旁边发现了在其他冠状病毒中不存在的连续的12个核苷酸的序列；

       对于上述1、论文分析论证如下：

       决定病毒与 ACE2结合最重要的部分，是 RBD （受体结合结构域）的6个氨基酸。在所有六个 S1上关键 RBD 碱基上，来自马来西亚的穿山甲完全与 SARS-CoV-2病毒匹配。如果人为根据 ACE2受体结合的几个关键碱基，通过计算生物学进行人工设计的话，该点位上的氨基酸并非是最优选择。同样的，其它关键点位上预测的最佳氨基酸碱基也不是最优解。因此，这更像是自然选择的结果。

       请注意：这里论证最后的结论是 “更像是自然选择的结果”，而不是必然，不是确定性，描述的仅仅是论文作者认为的一种大概率的猜测，实质上是一种假设    

       对应的 原文：    Thus, the high-affinity binding of the SARS-CoV-2 spike protein to human ACE2 is most likely the result of natural selection on a human or human-like ACE2 that permits another optimal binding solution to arise. 

       在我看来，这个论证的说服力，甚至连“most likely”都谈不上； 

       对于上述2、论文分析论证部分摘录如下：

       SARS-CoV-2中多碱基切割位点的功能后果尚不清楚，因此，确定其对动物模型的可传播性和发病机制的影响将非常重要。 SARS-CoV的实验表明，在S1-S2连接处插入弗林蛋白酶切割位点可增强细胞间融合而不影响病毒的进入。此外，MERS-CoV刺突的有效裂解可使蝙蝠类MERS冠状病毒感染人细胞。在禽流感病毒中，高密度鸡种群中的快速复制和传播是由于血凝素（HA）蛋白获得了多碱基分裂位点，其功能类似于冠状病毒刺突蛋白。通过插入或重组获得HA中的多碱基分裂位点，可将低致病性禽流感病毒转化为高致病性形式。在细胞培养物中反复传代或通过动物实验后，也观察到HA捕获了多碱基分裂位点。

       尚不清楚预测的O-连接聚糖的功能，但它们可能会形成“粘蛋白样结构域”，从而屏蔽SARS-CoV-2的刺突蛋白上的抗原表位或关键残基。几种病毒利用粘蛋白样结构域作为逃避免疫的聚糖。尽管O联糖基化的预测是可靠的，但仍需要进行实验研究以确定这些位点是否用于SARS-CoV-2。

       原文：    The functional consequence of the polybasic cleavage site in SARS-CoV-2 is unknown,        原文：    The function of the predicted O-linked glycans is unclear,

       评注：前面是对假设和猜测的事情做结论；这里是对不完全清楚的事情做结论  

       这里的论证非常绕，顾左右而言他，既没有清清楚楚的证明“其他冠状病毒中不存在的连续的12个核苷酸的序列”在这里是如何通过自然进化，必然出现的；也没有清清楚楚的证明“其他冠状病毒中不存在的连续的12个核苷酸的序列”在这里是因为什么必然不是人工干预出现的。

       论文论证：

      此外，如果已经进行了遗传操作，可能已经使用了可用于β冠状病毒的几种反向遗传系统之一。然而，遗传数据无可辩驳地表明，SARS-CoV-2并非源自任何先前使用的病毒主链。

       原文：

       Furthermore, if genetic manipulation had been performed, one of the several reverse-genetic systems available for betacoronaviruses would probably have been used19. However, the genetic data irrefutably show that SARS-CoV-2 is not derived from any previously used virus backbone

       分析：   

       既然 “使用了可用于β冠状病毒的几种反向遗传系统之一”是进行遗传操作的可能性之一，那必定有不使用这几种反向遗传系统的遗传操作；基于此“SARS-CoV-2并非源自任何先前使用的病毒主链” 怎么能论证出 新冠病毒 没有进行遗传操作呢？ 

       论文中关于“实验室泄漏冠状病毒情况的排除”部分，有很大信息量，全文如下： 

       3. Selection during passage 

       Basic research involving passage of bat SARS-CoV-like coronaviruses in cell culture and/or animal models has been ongoing for many years in biosafety level 2 laboratories across the world27, and there are documented instances of laboratory escapes of SARS-CoV28. We must therefore examine the possibility of an inadvertent laboratory release of SARS-CoV-2. 

       In theory, it is possible that SARS-CoV-2 acquired RBD mutations (Fig. 1a) during adaptation to passage in cell culture, as has been observed in studies of SARS-CoV11. The finding of SARS-CoV-like coronaviruses from pangolins with nearly identical RBDs, however, provides a much stronger and more parsimonious explanation of how SARS-CoV-2 acquired these via recombination or mutation19.

      The acquisition of both the polybasic cleavage site and predicted O-linked glycans also argues against culture-based scenarios. New polybasic cleavage sites have been observed only after prolonged passage of low-pathogenicity avian influenza virus in vitro or in vivo17. Furthermore, a hypothetical generation of SARS-CoV-2 by cell culture or animal passage would have required prior isolation of a progenitor virus with very high genetic similarity, which has not been described. Subsequent generation of a polybasic cleavage site would have then required repeated passage in cell culture or animals with ACE2 receptors similar to those of humans, but such work has also not previously been described. Finally, the generation of the predicted O-linked glycans is also unlikely to have occurred due to cell-culture passage, as such features suggest the involvement of an immune system18.

       中文：  

       在全世界的生物安全性2级实验室中，涉及蝙蝠SARS-CoV样冠状病毒在细胞培养和/或动物模型中传代的基础研究已经进行了多年，并且有文献记载了SARS-CoV实验室逃逸的实例。因此，我们必须检查实验室意外释放SARS-CoV-2的可能性。

       从理论上讲，SARS-CoV-2有可能在适应细胞培养传代过程中获得RBD突变（图1a），正如在SARS-CoV研究中所观察到的。然而，从穿山甲中发现具有几乎相同的RBD的SARS-CoV样冠状病毒，为SARS-CoV-2如何通过重组或突变获得这些提供了更强有力和更简化的解释。

       多碱基分裂位点和预测的O-连接聚糖的获得也反对基于培养的情况。仅在体外或体内低致病性禽流感病毒的长期传播后，才观察到新的多碱基切割位点。此外，通过细胞培养或动物传代假想产生SARS-CoV-2，将需要事先分离具有非常高遗传相似性的祖病毒，这尚未被描述。随后需要在具有ACE2受体的细胞培养物中或动物中重复传代多碱基切割位点，所述动物具有类似于人类的ACE2受体，但是这种工作以前没有被描述。最后，由于细胞培养传代，预测的O-连接聚糖的生成也不大可能发生，因为这种特征表明免疫系统的参与。

       附注：

       1、不是我们猜的，是美国专家自己说的，在全世界的生物安全性2级实验室中，涉及蝙蝠SARS-CoV样冠状病毒在细胞培养和/或动物模型中传代的基础研究已经进行了多年。

       2、人工干预冠状病毒大致分“基因编辑”、“细胞培养”、动物（活体）实验三种情况，论文中相关的阐述充斥了虚拟的概率论述（不大可能、尚未描述等等）；考虑到人工干预的三种情况可能产生混合叠加的可能，论文中所使用的论据对论点的支持更加的虚弱。

       论文最后指出：

        it is currently impossible to prove or disprove the other theories of its origin described here.

       这两种自然起源的假设，目前每一种都还没有找到任何的证据支持；