新冠病毒基因进化树(3月13日)

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这是3月13日更新的新冠病毒基因进化树,由于样本增加至426个,与之前3月6日的进化树相比,分型发生了显著变化。全部样本明显分为两大类型,它们的共同祖先前推至2019年11月23日。

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图中绿色方框内的类型应该就是所谓“意大利新冠病毒毒株”,箭头所指的首个样本来自德国首个病例,此后在意大利、瑞士、荷兰、德国、芬兰、英国、卢森堡、葡萄牙等欧洲国家开始快速蔓延,并传播到墨西哥、巴西、尼日利亚、新西兰。需要注意的是,中国台湾也有一例,是在埃及旅游期间感染。除此以外,中国没有发现一个该毒株的样本。

意大利毒株在2019年12月22日前后就从其祖先中变异分离出来,而直到2020年1月28日德国出现第一个确诊病例之前完全没有任何感染报告。从目前的进化情况来看,它既不是从其他当时已知疫区传播而来的,也不可能是其他已知类型变异来的。那么,这一个多月时间里,它不在中国,不在亚洲,不在欧洲,不在当时任何已知疫区,它在哪里?

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意大利毒株的一个与众不同之处是,它的S蛋白发生了显著改变。S蛋白决定了病毒的感染目标和感染能力,是否正是由于这一突变导致了意大利毒株在南欧的快速扩散以及对拉丁人的严重杀伤?

由于不知道如何上传高清图,所以图片较为模糊。原始资料可访问https://www.gisaid.org/epiflu-applications/next-hcov-19-app/

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