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2006年,在法国遗传学家Christine Keyser-Tracqui的名为&Population origins in Mongolia: genetic structure analysis of ancient and modern DNA&的研究当中,用2300年前的古匈奴贵族尸体与现在蒙古地区的蒙古人群体,以及现代安纳托利亚的土耳其人群体进行的Y染色体、线粒体、常染色体脱氧核糖核酸分析。结果表明,古匈奴和当代蒙古人为延续世系。
匈奴国末期被自然灾害、内斗折磨得逐渐衰败,此时四周长期受匈奴欺辱的鲜卑、汉朝、乌孙、丁零、乌桓热火朝天地进行反攻清算,鲜卑成为攻击匈奴的主力。公元46年,由于鲜卑和其他民族长年地进逼,加上内乱不断灾荒不绝,曾经雄踞朔原的北匈奴被迫败退到燕然山(今蒙古国杭爱山)和阿尔泰山地带。其后奄奄一息的北匈奴又屡屡惨败,最后由鲜卑国在匈奴国的原有领土上建立了强大的鲜卑国,60万匈奴人融入鲜卑国,另有一部分匈奴西迁。
2007年的另一项名为&Genetic analyses on the affinities between Tuoba Xianbei and Xiongnu populations&的研究中,遗传学者用拓拔鲜卑的mtDNA与匈奴进行对比,结果两者高度吻合,证明匈奴与鲜卑的基因传承关系。