《核酸研究》发表全球模式微生物基因组测序计划重要进展

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10月29日,《核酸研究(Nucleic AcidsResearch)》在线发表了国家微生物科学数据中心(中国科学院微生物研究所微生物资源与大数据中心、世界微生物数据中心)团队关于全球模式微生物基因组数据库gcType的文章。gcType是由我国牵头的全球模式微生物基因组测序计划的重要成果。

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模式菌株(type strains)是在给微生物定名、分类记载和发表时,以纯菌状态所保存的菌种,是微生物分类学的标准参考物质,也是理想的生物技术研究工具,具有重要的科研和产业价值。模式菌株长期以来分散在全球各国超过100余个保藏中心,是各个保藏中心甚为珍贵的资源。2018年,微生物所牵头组织发起了全球模式微生物基因组测序计划,从全球微生物资源保藏中心选择目前未进行测序的模式微生物菌株(包括细菌、古菌和可培养真菌),预计5年内完成超过10,000种的细菌、真菌、古菌模式菌株基因组测序,建立全球微生物模式菌株基因组测序合作网络,现已有来自美国的ATCC、日本JCM和NBRC、韩国的KCTC等超过12个国家的26个微生物资源保藏中心正式加入该计划并形成了重要了阶段性成果。

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目前,国家微生物数据中心(世界微生物数据中心)已经形成了国际引领的微生物大数据平台体系。其中全球微生物菌种目录(Global Catalogueof Microorganism, gcm)集成了来自全球50个国家133个微生物资源中心46万微生物菌种资源数据(Nucleic AcidsRes. 2016),是目前最大的微生物实物资源数据平台。全球模式微生物基因组数据库(Global Catalogue of TypeStrain, gcType)整合了16701个有效发表的原核生物的超过13 944个基因组数据(Nucleic Acids Res. 2020),是目前在模式微生物基因组方面数据最为全面,功能最为完善的数据平台,为用户提供一站式的数据管理和基因组注释、新种鉴定等分析。全球微生物组数据库(The GlobalCatalogue of Metagenomics, gcMeta)整合了超过200TB宏基因组相关数据和超过100个在线数据分析工具及整合的工作流(Nucleic Acids Res. 2019)。国家微生物科学数据中心持续为超过90个国家的用户提供高质量的数据服务,致力于建立国际一流的微生物数据中心。

国家微生物科学数据中心史文聿博士和孙清岚博士为文章共同第一作者,中心马俊才研究员与吴林寰研究员为共同通讯作者,国内外22个团队共同参与了文章的相关工作。衷心感谢中国科学院国际大科学培育专项计划、科技部国家微生物科学数据中心、中国科学院微生物学科数据中心、中国科学院地球大数据A类先导专项、中国科学院战略生物资源网络计划等项目的长期支持。

论文链接:

https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkaa957/5943199

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