黑暗森林理论当然不一定是宇宙真相，它只是一种猜想，但要推翻也得拿出可靠的逻辑

黑暗森林基于的不是争夺资源，而是文明自身生存问题。

首先黑暗森林的两个前提，技术爆炸和猜疑链，这两个都是客观事实。还有一个基于目前科学的前提，就是基于相对论不可超光速旅行。
技术爆炸，现代人类生命感觉几十年技术进步还可以理解，还叫不上爆炸。但是人类诞生几百万年了，文明史都有几千甚至近万年，那么在一万年跨度里，人类进入工业文明也就几百年，现代信息社会就几十年，然而现代信息社会力量已经远超几百年前人类的工业文明，人类几百年的工业文明同样远超几千年的农耕时代。近万年的文明史，在几百年到几十年的时间里面，整个文明技术力量暴涨，这就是技术爆炸。
猜疑链，这个属于更加主观的问题，其实已经有很多相关的思想，比如博弈论里面的囚徒困境，两个囚徒明白互相绝对信任则无罪释放，但是无限的猜疑链会导致两个囚徒都坦白从宽换取从轻发落。再比如子非鱼安知鱼之乐？子非我安知我不知鱼之乐？无限循环。

当然，人类文明都存在以上客观事实，那么为什么没有发生黑暗森林模式？虽然有残酷的斗争，但是还远不至于一发现就要立即毁灭？那么就涉及第三个前提，光速不可超越。
光速不可超越，加上宇宙轻则几千上万光年，或者几百万上亿光年的空间距离。意味着沟通时间极长，那么技术爆炸和猜疑链的问题会被严重放大。
首先是技术爆炸的放大，比如是现在人类养奶牛取奶很正常，但是今天看到一次奶牛还是奶牛，几千年后呢？几万年后呢？别忘了技术爆炸，可能奶牛几千年都还是奶牛，可能几百年就能进化出社会，几十年就可能进化信息化，信息化之后，再过几千年呢？这个奶牛文明还是被现代人类圈养的奶牛，还是说已经能圈养人类？
另外就是猜疑链的放大，还是奶牛，汝非奶牛，安知奶牛善恶？加上技术爆炸，一个几千年后先进的奶牛文明，赌其善？那自然大好。但是今日善，代表明日善？哪天这个先进的奶牛文明上台恶意统治者呢？或者一开始就是残酷的弱肉强食的文明呢？而且别忘了光速问题，和远距离的文明交流，时间跨度动不动几百年上千年，与一个文明的交流，就和发掘唐朝文物一样古老，唐朝能预测现在的美国吗？甚至更久远商朝的人能预测当今美国的善恶吗？
基于以上前提，那么假设人类发现了几千光年以外的一群奶牛，任其发展，就以为着要用整个人类文明的生存，来赌这群奶牛绝对不会发生技术爆炸，绝对不会产生对人类恶意。赌不了不敢赌，那么最简单安全的手段，发现这群奶牛，就消灭这群奶牛。这就是黑暗森林模型。

最后，别忘了，现在宇宙如此广阔、漫天星光，但是人类在宇宙中仍然没有发现丝毫其他文明的证据，就像茂盛的热带雨林中，没有发现丝毫动物的声响和行踪，这种诡异的安静极其不正常，黑暗森林正是基于这个前提假设的。