黑暗森林理论当然不一定是宇宙真相，它只是一种猜想，但要推翻也得拿出可靠的逻辑

我觉得，你考虑的太少了。有很大的硬伤。
你用人类社会发展的规律，得出来的经验，去套用理解揣测外星人，并不合适。也许外星人是硅基生命，是异形，或类似于蚂蚁，蜜蜂社会形态。彼此对世界的感观和认知，差异悬殊。善恶美丑黑白是非等等基础概念，都截然不同么。
你眼中的世界，也不过受限于五感来认知。你的眼睛，也只能接收电磁波中很窄的范围。外星人也许不一样。彼此认知不同，沟通就是鸡同鸭讲。
人类自诞生以来自身沟通，都充满了困难，否则也不会纷争不断，纠葛不休。其他物种，即使是高级智慧，也不一定悲喜相似，三观趋同。
只要物种有欲望，就会有纷争。外星人会清心寡欲，与世无争么？没有欲望，整个社会就会停止发展。也不足为虑了。
宇宙何其广大瑰丽，我想进化的道路，并不止人类社会一种。宇宙的基本法则，隔着层层面纱，我们只是认知了很少一部分。所以对待外星人，不适合以己度人。

制造工具 利用工具 才是文明

生机勃勃？看来你对人类战争史不够了解。
就拿两个典型：1，蒙古帝国，2，进入工业化时代的大英。
最初的蒙古帝国成型后，他们的价值观是“要让无边的大地上都是牛羊，人只不过是会说话的牛羊并且还不听话，不如杀掉。”所以蒙古大军所到之处就是赤血万里，屠城灭国。人是最没价值的不稳定隐患。
就为这事，丘处机还专门跋涉万里去找成吉思汗论道。也得亏成吉思汗相信丘处机是仙人，冥冥中多了那么一丝敬畏。
2，大英进入工业化后，纱布的产量百倍的提升，但是立刻遇到问题：卖给谁？于是登高一呼，站在道德的制高点上废除奴隶制，要让黑奴也有财产也能消费。
所以大英的价值观是：资本需要庞大的人口市场才能存活。人，哪怕是一个奴隶，也是重要的市场构成。
所以看起来，大英要比蒙古文明很多，不去灭种，只不过是永恒奴役而已。
那么你如何判断外星人的价值观？
外星人能突破恒星际的距离来到地球，它们是怎样一种生命体？最接近地球人想象的一种可能是“电子机械生命”。也就是那段时间马斯克玩的那个，将自己的脑波灌注在电脑里，这样就相当于自己的灵魂通过电脑永生了。
一旦遇到机械生命，那就危险了！他们可能就和蒙古一样，不需要什么市场。
其实还有第3个典型。
这个属于阴谋论的范畴，说的是，地球上有那么少数人，他们掌控了地球60%以上的资源，也掌控了大部分国家（包括最强的美国），他们不在乎钱，钱只是他们家随便印的。他们只在乎对地球的永恒统治，遇到任何威胁他们统治的种族，一定会不惜代价的消灭。核弹不行就用病毒，死多少人都无所谓。
遇到这种情况？我只能引用三体里的一个金句：在事关种族延续的危机面前，任何底线思维都不为过。

什么物质资源，你知道文明等级的划分吗？没文化就少评论。

首先，代表印第安人起立为你鼓个掌。其次，假如被你挤奶的奶牛们不但会吃草，还在指数级的繁殖，且每只牛手一把狙击枪，那么在语言不通，沟通时间过久的情况下，你还是念念不忘想着喝奶？虽然你不吃草两者对资源消耗的等级不一样，但奶牛吃草一样要占地盘啊，生存第一，资源有上限。你是高级文明，你有核武器，那你要在牛群繁殖到多大范围时才决定启用呢？奶牛们每天还在琢磨着把狙击枪升级为火箭炮，天知道他们哪天会整出DDDD或者高超速武器，到那天会不会反被奶牛们挤奶？（猜疑链及技术爆炸）。

你这算是恶意滥用“循环利用”这个概念吧？

用游戏的语言来说就是，你有一块地，一回合产生一单位食物，只要有无限的回合就能生产无限的食物。
但是，一个每回合消耗一食物的兵种，长期来说一块地就只能养活一单位该兵种。

我们无法估算宇宙中有多少资源是可以利用的，但是封顶上限是不可能超过物资的。

黑暗森林基于的不是争夺资源，而是文明自身生存问题。

首先黑暗森林的两个前提，技术爆炸和猜疑链，这两个都是客观事实。还有一个基于目前科学的前提，就是基于相对论不可超光速旅行。
技术爆炸，现代人类生命感觉几十年技术进步还可以理解，还叫不上爆炸。但是人类诞生几百万年了，文明史都有几千甚至近万年，那么在一万年跨度里，人类进入工业文明也就几百年，现代信息社会就几十年，然而现代信息社会力量已经远超几百年前人类的工业文明，人类几百年的工业文明同样远超几千年的农耕时代。近万年的文明史，在几百年到几十年的时间里面，整个文明技术力量暴涨，这就是技术爆炸。
猜疑链，这个属于更加主观的问题，其实已经有很多相关的思想，比如博弈论里面的囚徒困境，两个囚徒明白互相绝对信任则无罪释放，但是无限的猜疑链会导致两个囚徒都坦白从宽换取从轻发落。再比如子非鱼安知鱼之乐？子非我安知我不知鱼之乐？无限循环。

当然，人类文明都存在以上客观事实，那么为什么没有发生黑暗森林模式？虽然有残酷的斗争，但是还远不至于一发现就要立即毁灭？那么就涉及第三个前提，光速不可超越。
光速不可超越，加上宇宙轻则几千上万光年，或者几百万上亿光年的空间距离。意味着沟通时间极长，那么技术爆炸和猜疑链的问题会被严重放大。
首先是技术爆炸的放大，比如是现在人类养奶牛取奶很正常，但是今天看到一次奶牛还是奶牛，几千年后呢？几万年后呢？别忘了技术爆炸，可能奶牛几千年都还是奶牛，可能几百年就能进化出社会，几十年就可能进化信息化，信息化之后，再过几千年呢？这个奶牛文明还是被现代人类圈养的奶牛，还是说已经能圈养人类？
另外就是猜疑链的放大，还是奶牛，汝非奶牛，安知奶牛善恶？加上技术爆炸，一个几千年后先进的奶牛文明，赌其善？那自然大好。但是今日善，代表明日善？哪天这个先进的奶牛文明上台恶意统治者呢？或者一开始就是残酷的弱肉强食的文明呢？而且别忘了光速问题，和远距离的文明交流，时间跨度动不动几百年上千年，与一个文明的交流，就和发掘唐朝文物一样古老，唐朝能预测现在的美国吗？甚至更久远商朝的人能预测当今美国的善恶吗？
基于以上前提，那么假设人类发现了几千光年以外的一群奶牛，任其发展，就以为着要用整个人类文明的生存，来赌这群奶牛绝对不会发生技术爆炸，绝对不会产生对人类恶意。赌不了不敢赌，那么最简单安全的手段，发现这群奶牛，就消灭这群奶牛。这就是黑暗森林模型。

最后，别忘了，现在宇宙如此广阔、漫天星光，但是人类在宇宙中仍然没有发现丝毫其他文明的证据，就像茂盛的热带雨林中，没有发现丝毫动物的声响和行踪，这种诡异的安静极其不正常，黑暗森林正是基于这个前提假设的。

又故意忽略作者的设定了：高级文明有简单高效不暴露自己的打击方法。

所以你用森林举例子是不恰当的，因为不是每个动物手里都有一把狙击枪。

后面用奶牛举例子也不恰当。消灭别人的首要原因不是抢资源而是担心被对方反杀。你知道奶牛不会突然变成异形一口把你吃了你当然可以放心养。但是对外星文明你为什么觉得对方就如看上去那样无害可以和平共处？