非洲起源论和多地起源论，到底在争论什么

多地起源，还是单一起源，基因上是可以分辨的。
假设是单一起源，起源地a有四个人群，他们的基因各自是abcd，其中部分a基因人群因为某种原因离开，去到地方b。
这群人在b生育后代，子孙自然就会继承了a基因，但同时也可能发生突变，于是b地有了aa,ab,ac,ad四种基因。
假设又有部分aa基因的人离开了，c地生活，生育后代，后代继承祖先基因，又发生突变，于是c地有了aaa,aab,aac,aad等基因。
如此循环几千年，几万年。
按照单一起源模型，起源地的基因种类肯定是最丰富，因为起源地不仅有a基因的变异基因，还有bcd等基因的变异基因，而其他地方因为都有同一个祖先或者几个祖先，基因相似度就会高许多，而且越人类越晚到的地方，基因种类越少，就像我举的例子里的c地，当地人基因都来自aa基因。
当我们要找起源地的时候，只要找基因种类最多的地方就行。
如果是多地起源，不同地方有不同人群，不同人群基因肯定各不相同，那就是a地有a基因，b地有b基因，各种基因各自演化。
几千年，几万年后，那么在基因上的表现就是a地以a基因的突变为主，当地有aaa,aab,aac,aadaba,abb,abc,abd,aca……基因，b地以b基因的突变为主，当地有baa,bab,bac,bad,bba……基因。
所以对比一下，从基因上来说，单一起源还是多地起源，差异还是很明显的。
当然，实际情况要复杂的多，我这只是简化到不能简化了。
目前，人类基因研究的结果是单一起源论，而基因种类最丰富的地方在非洲。我记得好像还能精确到非洲的什么地方，具体是哪里我忘了。

你提的不少问题很有代表性，我们来梳理一下，应该能理清不少思绪

母系社会这个你理解有误，母系社会，主外（狩猎、御敌等）还是男性，部落首领是男性的几率一般也不小，只不过这样的男性首领一般是部落孩子的“舅舅”而非父亲。母系社会的形成主要是男性死的比较早，所以由相对更长寿的女性来传递知识，维持部落稳定，男女之间的地位没那么大分别，你说的俘虏奴隶啥的要等到更后面的时代了。女性的主要职位是“大长老”，而不一定是“族长”。
而且母系社会女性一般是一般是女性挑选中意的男性，在双方你情我愿的基础上繁殖后代（你可以查一下“走婚”习俗）。而且虽然孩子由女方抚养，但依旧会承认生父身份，所以相对稳定的部落依旧会形成父系传承，尤其是比较强壮的男子，后代可能会遍及周边好几个部落。所以判断父系基因这点是没问题的。
至于亚马逊人，即使真有，她们跟传说也不会完全一样（古希腊是拿这些人当猎奇故事讲的，而猎奇故事添油加醋是必然的）。

3000万年前蒙古重建事件中，喜马拉雅山隆起时气候突变团灭了亚洲的类人猿下目（也可称为猿、猴类），剩下的简鼻猴跑去了东南亚成为了眼镜猴等动物的祖先，而在那之前北美灵长类就因为全球变冷灭绝了，之后就是大体型的类人猿下目基本全被寒潮轰到了非洲，猿和猴重新回到喜马拉雅山北面的时间蛮晚的。

（其实有人提过说为什么不能是人们“入”非洲，而一定要是“出”非洲，其实入非洲确实发生过，还不止一次，但基本都在古人类如南方古猿出现以前，因为当时的人科动物都是树栖的，气温升高，树林连成一片就到处扩散出非洲，气候变冷森林消失，便大批的被赶回非洲，古人类练出强大的双足步行能力后才打破这个怪圈）

确实有动物在高纬度地区演化出了耐力，比如犬科，但这种演化，耐力和散热是没法协同的，哈士奇可以在雪地里拉雪橇，但你把它放到非洲跑个试试，它非“汪”的一声死给你看不可。
而人类不是这样，目前已知人类变“裸”的时间是在100～120万年前，古人类脑容量增大的时间也几乎与这段时间重合，一般认为是人类在这段时间提高了耐力，获得了更高效率的猎杀能力，从而大量摄入蛋白质等营养导致的。
而如果古人类在这一时间之前于寒带就演化出了长途奔袭和耐力（且不提寒带地区根本没有古人类的事实），那么他们就有可能在没有智力提高的前提下直接演化成适应寒带的群居性捕猎生物。之后能不能演化出智力和离开寒带都是问题，变“裸”就更不用提了。

最后是肤色问题，深色皮肤有助于保护人体内的叶酸等物质（来源于植物）不被紫外线破坏，而浅肤色则有助于利用紫外线合成维生素D（来源于动物），如果人类能摄入大量叶酸但缺少维生素D的摄入，那么为了生存，浅肤色就是必要的，反之深肤色更有利生存。所以目前认为是当地日照和饮食两方面影响了人类肤色。

古人类饮食中肉类来源较多（含有更多的维生素D），再加之身处低纬度地区，所以肤色都是深色的。不过非洲人肤色种类多变，从黄色、棕色到玛瑙黑、灰黑、深黑能分出十来种肤色的（这本身也是基因多样性的证据），说他们是黑皮肤其实是个过于笼统的说法。

然后再说一下，让人肤色变浅基因突变一直存在于非洲，而且非洲南部甚至还有一批从来没有走出过非洲的黄色人种---科伊桑人（以前曾有人根据肤色以为这些人是亚洲人和非洲人混血，结果基因研究却发现这些人的祖先从没离开过非洲），所以就算是现代非洲人群体，如果搬到高纬度地区生活个几千年，肤色也会变浅。