热播剧中的朱元璋长这样，是在恶意丑化吗？

以你所秉持的那种意识形态，请勿将“炎”“黄”并列做你的旗号。
综合各种史料所载的传说信息来看，炎帝神农氏部落是先据中原的一个农耕部落，而黄帝轩辕氏部落最初只是一个活动于“戎狄”地区的游猎或半耕半猎部落。之后黄帝部落【与炎帝战於阪泉之野，三战然後得其志】（《史记·卷一 五帝本纪第一》），成功吞并炎帝部落入主中原。
以你所秉持的那种意识形态，你是应该视轩辕黄帝为敌的，只有神农炎帝这狭义一族才是你的“正朔”。
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而《史记》则专门为轩辕黄帝的“入侵”行为作出了我中国文明意识形态的解释：
【轩辕之时，神农氏世衰。诸侯相侵伐，暴虐百姓，而神农氏弗能征。於是轩辕乃习用干戈，以征不享，诸侯咸来宾从。而蚩尤最为暴，莫能伐。炎帝欲侵陵诸侯，诸侯咸归轩辕。轩辕乃修德振兵，治五气，蓺五种，抚万民，度四方，教熊罴貔貅貙虎，以与炎帝战於阪泉之野。三战，然後得其志。蚩尤作乱，不用帝命。於是黄帝乃徵师诸侯，与蚩尤战於涿鹿之野，遂禽杀蚩尤。而诸侯咸尊轩辕为天子，代神农氏，是为黄帝。】
朱元璋先生对元之一统的解释是一脉相承的：
【昔中国大宋皇帝主天下三百一十余年，后其子孙不能敬天爱民，故天生元朝太祖皇帝，起于漠北，凡达达、回回、诸番君长尽平定之，太祖之孙以仁德著称，为世祖皇帝，混一天下，九夷八蛮、海外番国归于一统，百年之间，其恩德孰不思慕，号令孰不畏惧，是时四方无虞，民康物阜。】——明太祖，洪武二十二年，《明太祖实录·卷之一百九十八》
【曩者，我中国宋君奢纵怠荒，奸臣乱政，天监否德，於是命元世祖肇基朔漠，入统华夏，生民赖以安静，七十余年。】——明太祖，洪武二十四年，《明太祖实录·卷之二百十二》