(KO)敲除细胞系构建：从CRISPR/Cas9到高效编辑策略

2020年，诺贝尔化学奖授予了CRISPR/Cas9技术的两位科学家，这项被称为“基因剪刀”的技术，正在深刻改变基础科研、疾病治疗、农业育种等多个领域。它不仅实现了对DNA的精准修饰，还让基因功能研究进入了高效、低成本的新阶段。

在基因编辑不断发展的今天，如何构建高质量的敲除（Knockout, KO）细胞系，成为研究人员突破课题瓶颈的关键。本文将全面梳理KO细胞系构建的技术原理、操作策略、常见应用以及面临的挑战，助力科研实践更高效推进。

CRISPR/Cas9简析：基因编辑的利器

1. 来源机制：源自细菌的天然“免疫系统”

CRISPR（成簇规律间隔短回文重复序列）起初是细菌为抵御病毒而进化出的适应性免疫机制。病毒DNA侵入后，细菌将其片段整合进自身基因组并形成“记忆”，未来再次遭遇同一病毒时，可通过crRNA引导Cas9蛋白精确识别并切割病毒基因。

这一天然机制被科学家转化为强大的基因编辑工具。人工设计的sgRNA（单链向导RNA）可引导Cas9蛋白靶向并切断任意基因，利用细胞的修复机制实现基因敲除或敲入。

2. 技术优势：简单高效，适用广泛

操作简便：只需设计一段20bp的sgRNA，即可实现精准定位目标基因；

适用多种物种：涵盖人类、动植物、酵母等；

性价比高：相较ZFN和TALEN，成本大幅降低，门槛更低。

1. 设计原则

优先选择靠近ATG起始密码子的外显子区域；

回避重复序列及GC含量极端区域，优化编辑效率；

对于存在多个转录本的基因，选择保守外显子区域；

避免选择与其他基因有高同源性的区域，降低脱靶概率；

借助在线工具预测gRNA效率与特异性，进行精筛。

2. gRNA数量选择方案

单gRNA移码敲除：适用范围广，操作简便，但对非编码区与短外显子效果有限。

双gRNA小片段敲除：可直接通过PCR长度差判断编辑成功，准确率更高。

多gRNA大片段或全基因敲除：彻底破坏功能，但设计复杂，编辑效率受限。

构建敲除细胞过程中常遇难点包括编辑效率不高、脱靶效应明显、筛选周期长等。针对这些问题，以下策略可供参考：

1.基于算法的gRNA个性化设计：结合目标细胞基因组特征进行多维度打分筛选。

2.不同细胞系参数调整：根据类型优化转染方式、Cas9活性水平等关键条件。

3.Cell Pool编辑效率快速评估：通过高灵敏度检测手段确认初步编辑效果。

4.提升克隆形成率：优化培养体系，提升单克隆扩增效率。

5.微量细胞高通量鉴定技术：大幅缩短筛选周期，提高阳性克隆筛查效率。

1.基础科学研究

敲除关键基因（如TP53）研究其在癌症发生中的作用；

配合CRISPR文库筛选，开展全基因组功能研究。

2.疾病模型构建

敲除APP等基因，建立神经退行性疾病模型；

利用患者来源的iPSC模拟遗传病，为个性化医疗提供依据。

3.药物靶点验证与新药筛选

敲除候选靶点，评估其对疾病相关通路的影响；

构建耐药细胞模型，研究抗药机制，助力药物开发。

4.农业与生态研究

敲除作物感病基因，提升抗病能力；

用于环境保护相关的基因调控研究。

敲除细胞系作为揭示基因功能、验证疾病机制和开发创新疗法的重要手段，正借助CRISPR等新兴技术，迈向更高通量、更精准、更自动化的发展阶段。掌握前沿策略与方法，将显著提升科研效率，为生命科学探索提供坚实支撑。