埃及粮食确实有盈余，因为当时的埃及一直在酿啤酒，原料是小麦

尼罗河泛滥是河道变宽，溢出河岸，河岸两侧有一定坡度，河水慢慢往下流，在人工疏导下浸润河道两侧，这些河水在泛滥期结束不会退回河道，而是渗入土地和蒸发，补充两岸的含水层并给农田留下薄薄一层富含有机物和矿物质的河泥，补充田地肥力，整体过程和农业上的大水漫灌没有区别，而且原本尼罗河水量充沛，所以这种做法只会得到大水漫灌的好处而没有坏处。

至于尼罗河三角洲的淤积泥沙主要来自青尼罗河上游的埃塞俄比亚高原，尼罗河泛滥的7月，青尼罗河的水直接因为富含泥沙而呈现红褐色，被称为“红水”，其奔涌之姿不亚于黄河某些河段，水势之大甚至能在河流交汇处把尼罗河的另一条之流白尼罗河的河水反向顶回河道，要一直到尼罗河中下游河段，流速才开始放缓，变得波澜不惊（但水位会上涨）。
另一个证据就是阿斯旺大坝建成后，尼罗河下游河水的含沙量骤减，水中固态悬浮物由1 600ppm降至50ppm，混浊度由30～300毫克/升下降为15～40毫克/升，尼罗河三角洲非但没有再继续变大（按你的说法尼罗河三角洲应该继续变大才对），反而海岸线开始往内陆后退萎缩（因为地中海环流一直在不停冲走三角洲河口的泥沙），甚至有原本岸边的灯塔跑进了海里，现在离岸边1-2公里的例子。
目前尼罗河三角洲萎缩已经是个著名环境议题了，而且原因非常清楚（讨论主要是总结教训），你稍微搜一下就知道了，不要想当然。