刘秀近乎完美，为何在历史中存在感不高？

从大历史脉搏来看：
春秋战国时代，自新石器时代由部落祭祀阶层衍生出的远古贵族阶级的统治格局已经逐渐崩溃；
秦始皇的中央集权体制打破了旧的贵族政权格局，却没有来及建立新的政治生态。
刘邦是赤手空拳从基层重建了一套政权体系，这套政权最终被儒生集团操作窃取了，最终形成诗礼传家为标志的门阀体制。西汉时门阀地主阶层还在形成发展期。
刘秀的人生背后，是当时垄断全国绝多数资源的门阀贵族选择了他（其实王莽的王家也是门阀之一而言），东汉是门阀政治的巩固和绝对垄断事情。发展到东汉桓灵时代，皇帝没钱需要向门阀卖官，国家资源基本都被大门阀瓜分完了。两巾南北朝就是门阀政治逐渐崩溃破产的时期。
隋唐开始用科举来打破门阀地主们对政治的垄断。这个过程痛苦而漫长，曲折而艰辛，最终在宋基本实现，
明清时期科举的弊端逐渐显现。。。。

刘秀个人很优秀，但是在政治上是开倒车的，是他彻底巩固了门阀政治体制，默许甚至纵容了门阀地主们对国家资源（包括政治资源和经济资源等）的瓜分。