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孔子的思想并不等于儒学体系。
在孔子的时代，孔子的身份只是一名哲学家，教育家，或者是列国的流亡者。汉武帝独尊儒术以后，儒家思想成为了国家的主体思想。此时的儒家思想的核心支柱当然是必须要忠于皇帝，你不忠于政权，政权怎么可能支持你？否则何以有“忠君爱国”这样的话？忠君可是放到爱国之前的。
至于宋代以后的学术自由，并非无原则的自由，忠于君主，孝敬父母这些基本的原则问题是不可能以拿出来自由讨论的。事实上任何社会，即便在开放再自由，也总有不可触碰的底线。就如同今天西方，也是一个开放自由的的社会，但民主自由这个原则问题是不能够撼动的。
孔子的名字叫“至圣先师”，圣本身与神并列，至圣本身就有最高的神的意思。几千年来中国社会对孔子的崇拜，虽然名义上是纪念老师，事实上就是宗教崇拜，这不是不承认就可以否认的。
其次，我上面已经讲得很清楚了，皇帝就是儒家的教皇，中央政府同时承担着治理国家与控制思想的双重职能，也等同于教廷。教廷操办纪念创始人，这不是再正常不过的事情了。