朱元璋在《皇明祖训》里提到的“小琉球国”是台湾么？

不用和这个台独多废话，他之前的文章就表达过反对武统的缓独意思，你可以查查他过去的文章。

琉求，在南海之东。漳、泉、兴、福四州界内彭湖诸岛，与琉求相对，亦素不通。天气清明时，望之隐约若烟若雾，其远不知几千里也。西南北岸皆水，至彭湖渐低，近琉求则谓之落漈，漈者，水趋下而不回也。凡西岸渔舟到彭湖已下，遇飓风发作，漂流落漈，回者百一。琉求，在外夷最小而险者也。汉、唐以来，史所不载，近代诸蕃市舶不闻至其国。
世祖至元二十八年九月，海船副万户杨祥请以六千军往降之，不听命则遂伐之，朝廷从其请。继有书生吴志斗者上言生长福建，熟知海道利病，以为若欲收附，且就彭湖发船往谕，相水势地利，然后兴兵未晚也。冬十月，乃命杨祥充宣抚使，给金符，吴志斗礼部员外郎，阮鉴兵部员外郎，并给银符，往使琉求。诏曰：“收抚一江一 南已十七年，海外诸蕃罔不臣属。惟琉求迩闽境，未曾归附。议者请即加兵。朕惟祖宗立法，凡不庭之国，先遣使招谕，来则按堵如故，否则必致征讨。今止其兵，命杨祥、阮鉴往谕汝国。果能慕义来朝，存尔国祀，保尔黎庶；若不效顺，自恃险阻，舟师奄及，恐贻后悔。尔其慎择之。”
二十九年三月二十九日，自汀路尾澳舟行，至是日巳时，海洋中正东望见有山长而低者，约去五十里。祥称是琉求国，鉴称不知的否。祥乘小舟至低山下，以其人众，不亲上，令军官刘闰等二百余人以小舟十一艘，载军器，领三屿人陈辉者登岸。岸上人众不晓三屿人语，为其杀死者三人，遂还。四月二日，至彭湖。祥责鉴、志斗“已至琉求”文字，二人不从。明日，不见志斗踪迹，觅之无有也。先，志斗尝斥言祥生事要功，欲取富贵，其言诞妄难信，至是，疑祥害之。祥顾称志斗初言琉求不可往，今祥已至琉求而还，志斗惧罪逃去。志斗妻子诉于官。有旨，发祥、鉴还福建置对。后遇赦，不竟其事。
成宗元贞三年，福建省平章政事高兴言，今立省泉州，距琉求为近，可伺其消息，或宜招宜伐，不必它调兵力，兴请就近试之。九月，高兴遣省都镇抚张浩、福州新军万户张进赴琉求国，禽生口一百三十余人。
以上引自《元史·外夷传三》
可见元代所称之“流求国”是指台湾

你说的这个小琉球国，是清代的小琉球国，不是明代的。