明朝时期日本就已经是严重的边患

1368年，朱元璋建立明朝。年底，大明向高丽、安南派出使节，宣告建国。第二年一月，又通告占城、日本。同年六月、八月、九月，除日本以外的三国陆续做出回应，称臣朝贡。

唯独日本不给老朱面子，期间还发生了倭寇袭扰山东的边衅。

老朱自然不高兴，于是在洪武二年又派使臣杨载赴日递交国书，国书中曰：

比尝遣使持书，飞谕四夷。高丽、安南、占城、爪哇、西洋、琐里即能顺天奉命，称臣人贡…蠢尔倭夷…已尝谴人往问，久而不答……向者山东来奏，倭兵数寇海边，生离人妻子，损伤物命。故修书特报正统之事， 兼谕倭兵越海之由。诏书到日，如臣，则奉表来廷；不臣，则修兵自固，以应天修，永安境 土。如必为盗寇，朕当命舟师扬帆诸岛，捕绝其徒，直抵其国，缚其王，岂不代天伐不仁者哉。惟王图之。

当时室町幕府的足利义满面对老朱的威胁虽然示弱称臣，但也复书表示若明朝征讨日本，自己将积极备战：

臣闻天朝有兴战之策，小邦亦有御敌之图。论文有孔孟道德之文章，论武有孙吴韬略之兵法。又闻陛下选股肱之将，起精锐之师，来侵臣境。水泽之地，山海之洲，自有其备，岂肯跪途而奉之乎？顺之未必其生，逆之未必其死。相逢贺兰山前，聊以博戏，臣何惧哉？倘君胜臣负，且满上国之意；设臣胜君负，反作小邦之羞！自古讲和为上，罢战为强，免生灵之涂炭，拯黎庶之艰辛。特遣使臣，敬叩丹陛，惟上国图之。

日本这篇小作文颇富文采，又充满挑衅的意味，表示日本根本不怕明朝，要打仗便打仗。老朱纵然生气，但鉴于元朝征讨日本的覆辙，还是将日本列入了不征之国。

即使如此，倭寇作乱的问题也未见减缓。

洪武五年，倭寇海盐、温州、福建宁德、福宁；

六年，倭寇即墨、诸城、莱阳；

七年，倭寇胶州、定海；……

洪武十三年（1380年），胡惟庸案爆发，老朱猛然发现日本这股境外势力也插足其中，意图颠覆我大明，彻底大怒。

先是，胡惟庸谋逆，欲藉日本为助。乃厚结宁波卫指挥林贤，佯奏贤罪，谪居日本，令交通其君臣。寻奏复贤职，遣使召之，密致书其王，借兵助己。贤还，其王遣僧如瑶率兵卒四百余人，诈称入贡，且献巨烛，藏火药、刀剑其中。既至，而惟庸已败，计不行。（洪武）帝亦未知其狡谋也。越数年，其事始露，乃族贤，而怒日本特甚，决意绝之，专以防海为务。

于是在《皇明祖训》〈祖训首章〉「四方诸夷」中，明白地指出：日本国【虽朝实诈，暗通奸臣胡惟庸，谋为不轨，故绝之。】

一方面断绝了与日本外交关系（直到建文时期才恢复），一方面加强海防措置用以对抗倭人之入犯。

乃着祖训，示后世毋与倭通，而令信国公汤和、江夏侯周德兴分行海上，视要害地筑城，设卫、所，摘民为兵戌之，防御甚周，倭不得间小小入，与我军相胜败。

以此为基调，在整部《明实录》里，包括诸如「倭奴狡诈异常，海外势难遥度」；「倭奴谲诈变幻，眈眈未已」；「倭奴诡谲叵测，……；若其往来频数，乘我不备，俱未可知」……等内容近似的语句，反复地出现。

到了嘉靖年间，更是爆发了被视为「天地一大劫」的浩大倭乱，当时倭寇兵峰直指陪都南京，残暴比之后来的侵华日寇也毫不逊色，「婴儿缚之竿柱、沃以沸汤，视其啼号为笑乐；捕得孕妇，与其侪忖度男女，剔视之以中否为胜负」。

万历朝鲜之役时，由于北京方面仍然不清楚日本此次入侵的目的与路线 ，怀疑日本侵略朝鲜仅是个牵制作战 ，主攻方向其实在大明本土 ，因而要求沿海各省加强戒备、留饷征兵。

历时七年的万历朝鲜之役结束后，万历二十八年(1600)时，德川家康为表达善意，命人送回先年被虏的人口，闽地的官员认为日方此举不怀好心，目的在透过遣返人口途中，窥视了解来华航道。

日本送回被虏难民时，倭船曾长驱直入泉州湾，直抵泉州城下。此一景象，令部份人士感到十分地忧心，泉州知府程达便是其一，时人黄国鼎便言道：

中国苦倭久矣，而闽泉郡为甚。泉（州）与倭隔一海，可一苇而至。……时观察信吾程公 [即程达] 为郡（守），叹曰：「岂有丑虏卒来，如入无人之境，门户安在哉！」

万历三十年(1602)四月和六月日本再次送返中国被掳之民众和捕获之盗贼。朝廷负责兵防业务的兵部依旧认为此事大有蹊跷，指道：

闽海首当日本之冲，而奸宄时构内讧之衅；自朝鲜发难挫衂而归，图逞之志未尝一日忘。今迹近恭顺，而其情实难凭信；与其过而信之，宁过而防之。除通事王天佑行该省 [即福建]（巡）抚、（巡）按径自处分、王寅兴等听发原籍安插及将倭书送内阁兵科备照外，请移文福建巡抚衙门亟整搠舟师，保固内地；仍严督将士侦探，不容疏懈。

万历四十五年(1617)，倭人明石道友送董归抵福州海防重地小埕时，曾参与处理此事的明将沈有容在回忆录中指道，「省会城门尽闭，人心惶惶」。倭人仅是用船送回被掳将弁而已，竟然可以让福州百姓惶惶不可终日，省城还为此戒严，城门关闭不开，以应不测之变。

不仅如此，在此前一年(1616)即明石掳走董之前出现在福州外海时，倭船的数量亦不过两艘而已，却已让该地百姓大众惊慌不已，董的族亲董应举在〈中丞黄公倭功始末〉一文中，亦曾指出：

至丙辰 [即万历四十四年] 五月，明石道友船停泊东涌仅二只耳。内地不知多寡，大家争奔入省城；城门昼闭，无一敢出侦者。军门黄公 [即闽抚黄承玄] 以厚赏募人远侦，而董伯起应命。……伯起念二只倭船，（福州）省城惊惶如此；若十一只俱到，岂不倒了城墙？

文中指称，先前明石停泊在福州外海东涌的两艘倭船，已让民众争相逃入省城避难，福州城门白昼为之紧闭，没人敢出去侦察倭人动态，之后，因闽抚黄承玄重赏勇夫，才有董伯起应命侦倭一事，……然而，两艘倭船就可让福州官民惊慌成这样，假若当时情形是换成村山完整船队十一艘船同时入犯的话，那福州省城岂不是倒了城墙。

万历三十七年(1609)日本出兵控制琉球，闽海局势变得较前紧张之后，明政府亦又始戮力海防以恐有变，例如闽抚陈子贞并曾经为此，亲身「视师海上，修明前（巡）抚赵参鲁之政」。

万历四十年(1612)以后，琉球的情势似乎稍有缓和下来，然而，在背后控制琉球的日本究竟有何企图或目的，却让明政府不敢掉以轻心，中央的兵部便认为，「倭不可不备；备非徒设，在务得其情以制御之。……所在沿海抚、道、镇将湔此宿弊，查虚冒、习水战、严军律；而又委任得人，移驻海上，躬自简阅而劝惩行焉：庶其少有济乎！倭之桀骜似虏，而狡诈过之……」。

为此，次年(1613)二月，闽抚丁继嗣亦奏准〈陈防海七事〉，将闽海防务进行全面性的加强。三年后，即万历四十四年(1616)又发生村山南征台湾事件，中日双方船舰在浙江水域爆发过海战，之后，接连地又发生董伯起被掳、料罗大金失事、倭人送回董伯起、擒抚桃烟门等一连串的事件，让中日关系持续地紧张，进而催生一系列的兵防变革或增置构思，诸如添设水标游、创建浯澎游兵、屯田台湾的主张……等。而上述这些的措施，主要都是为了备御日本或倭人入犯而做的。

明朝中叶，民间出版了大量介绍倭情倭史的书籍，如《筹海图编》、《江南经略》、《皇明驭倭录》、《备倭记》、《嘉靖倭乱备抄》、《虔台倭纂》、《倭情考略》、《倭奴遗事》、《倭志》。

像其中的《筹海图编》、《江南经略》虽然是在嘉靖年间胡宗宪的召集下编成，但到万历时才在民间广为流传，这些书被编写出版的原因是为「监古知来」，希望藉嘉靖大倭寇的经验，来面对当时日本的侵略。

正如的《倭情考略》中所说：

海南诸国，倭为最强悍。其人轻战乐死，且黠而多智。自国初不以荒服治之。然向者入讧，志在俘掠而已。今其形势张设，大非昔时，蹂践我属国，伪为乞封而寻倍盟窥伺之心，殆将叵测。

到了清际，盲目一厢尊大，这种对于日本的警惕之心才消失得一干二净。