为全球导航，中国如何做到的？

NTP是分层的。从你提供的信息看，相当于是你自制的时钟基准与网络NTP服务器之间存在0.1秒的时差，我个人认为这个时差可能来自网络NTP自身的分层时延（也就是说，如果需要绝对的UTC时间，那么这里你自制的时钟基准更准确）。
我对NTP的理解很粗浅，上述如有谬误请不要笑话我。
FreeBSD我不了解，但是Windows和Linux都不是“实时”操作系统。Windows的底层是“包”起来的，一般开发者只能读取其输出，却几乎不能对其进行控制（也就是它和硬件之间如何通讯，我们无法控制）。Linux可能也存在类似的问题。C语言本身的代码效率应该没什么问题。
从你在上面提供的报文输出看，时间精度只达到十毫秒量级（092615.00=东八区标准时间17点26分15.00秒）。如果你需要更高精度的时间基准，可能需要直接读取导航电文的钟差信息，进行计算和输出。