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我觉得这是系统性误差，应该和信号接收有关，和计算无关。
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这些都是纯运算，没有IO，即便是dotnet如果这些东西能占到1ms我也觉得是你的实现有严重的问题。当然我觉得最有可能的就是你使用了一个不合适的信号，换成支持PPS的导航模块，使用现成的ntpd方案应该是一个权威的数据源了，这时候你再对比两个信号应该就可以继续排查了。
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虽然水平不高，整体思路都差不多。
读取报文，校准报文的准确性。
然后分门别类归档，然后提取【年】【月】【日】【时】【分】【秒】信息。
最后将这些信息作为标准，校准系统时间。
这些应该不会太长时间吧……