新冠病毒作为最近一场世界性传染病的元凶一直备受关注，但迄今为止，我们对它的了解依然有限。去年12月，来自MIT的一群科学家抛出了一个有些“惊悚”的论点：新冠病毒的部分序列能够进入人体DNA并长期存在于人体。该文的正式版于此篇报道的发稿日出版于PNAS上，澄清了多数之前引起争议的地方，也补充了更加翔实的证据。虽然该文的论点容易引起普通人的恐惧，但事实上病毒的遗传片段被整合入宿主的基因组中，并不是一件少见的事，至少现有的人类基因组中，就存在这大量的这类古代病毒感染事件的“遗物”。当然，我们最初认为这些“遗物”多数来源于逆转录病毒（HIV病毒就是一种逆转录病毒）；但后来，当人们发现人类和其它动物体内也存在着天然的逆转录酶后，这些“遗物”的来源就大大扩大了。因此，本文所讨论的内容其实并不是什么全新的现象，也完全符合固有的理论。我翻译这篇文章，也是想借此向诸君再次申明：有调查研究才有发言权，看东西别只看标题，尤其在看到了什么出乎意料的内容时，要试着仔细理清其来龙去脉，看清楚哪些是事实，哪些是猜测，哪些是媒体的造势，专注于那些可靠的东西，少受语言的蛊惑，更不要凭自己的臆想去理解事物。科学之所以胜于神学，就是因为它是可以被常人所理解的；如果我们总是靠自己的想象去解读事件，而不专注于事实本身，就容易产生错误，甚至成为谣言的源头。

【】内为译者注。

By Jon CohenMay. 2021年6月 2:45 PM

近来，一群著名的科学家坚定了自己对于所提出的一个颇具争议的假说的信念：造成大流行的这个新冠病毒能够将它的部分遗传物质整合进我们的染色体中，并因此在感染结束后长期存在。尽管有些怀疑者认为，他们的结果不过是实验室中的人为干涉的产物;但如果他们是对的，那么【病毒】遗传物质的插入就可以解释为什么有少数人在从COVID-19中康复数月后还会被检出SARS-CoV-2阳性。

当这项研究的领导者——麻省理工学院的干细胞学家Rudolf Jaenisch和基因调控方面专家Richard Young——最初于2020年12月将他们的看法发表在预出版网站bioRxiv上时，立即在推特上掀起了轩然大波。尽管这些研究者们强调，病毒【基因】的整合并不意味着从COVID-19中康复的患者仍具有传染性，但舆论批评他们【的做法】助长了人们对有关基于COVID-19的信使RNA（mRNA）疫苗的恐惧，因为有些人毫无根据的猜测这些疫苗可能改变人类的DNA。（Janesich和Young都强调，他们原创研究的最新结果从来都没有表明这些疫苗会把其序列合并进我们的DNA中。）

不过，这些研究人员对基于科学的批评持开放态度，并在于今天出版在《【美国】国家科学院院刊》（PNAS）的一篇论文中回应了部分批评意见。Jaenisch说：“现在我们有了确凿的证据表明，新冠病毒能够将其序列整合进【宿主】基因组中。”

造成COVID-19的病毒SARS-CoV-2的基因由RNA构成。Jaenisch、Young及其他作者认为，在罕见的情况下，人体细胞内的一种酶可能会复制病毒的序列并将它们插入我们的染色体当中。这种被称作“逆转录酶”的酶由LINE-1【逆转录】单元所编码。这种单元散布于人类基因组中，占据了约17%的序列，是历史上【人类】发生过的逆转录病毒感染事件的遗存。在预出版的初稿中，研究者们给出的试管实验的结果表明，被添加了额外LINE-1单元的人类细胞被新冠病毒感染时，DNA版的SARS-CoV-2序列【译者：由RNA逆转录来】就会遗存在这些细胞的染色体中。

【然而，】许多研究LINE-1单元和其它“逆转录子”的专家认为，以上证据并不足以支持这个预出版文章作者的观点。“如果这些数据出自我手，我那时不会选择把它提交给任何出版机构。”康奈尔大学的Cedric Feschotte说到。他的主要研究【课题】就是留存于人类基因组中的逆转录病毒片段。他与其他一些人还表示，他们【本】希望能看到Jaenisch和Young这个级别的科学家给出更高质量的研究。在另两个发表于bioRxiv上的后续研究中，批评者们给出的证据表明，这类疑似的“人类-痕量病毒”复合物是这个研究组用来扫描【宿主】基因组【以发现整合的病毒的】技术的一个常见副产物。就像在【其中】一份报告中指出的那样，这种“人类-病毒”序列“更可能是一个方法学的伴生物，而非原生的逆转录、整合和表达的结果”。

在最新论文中，Jaenisch、Young和他们的同事承认他们所用的技术会偶尔导致“人类-病毒”【基因】复合物的产生。“我同意上述观点。”Jaenisch如是说。他还说，当初次把这篇论文提交给一个期刊的时候，他们知道它还需要更强有力的数据来完善，不过他们希望能在审阅环节再补充这些数据。但是像大多数期刊一样，该刊要求作者在第一时间将所有关于COVID-19的结果发表在一个【线上】预出版服务器上。“【那时】我其实应该说：‘去你的，老子才不会把它放在bioRxiv上呢。’这【译者：指提交到预出版上】的确是我的错。”Jaenisch说。

在这篇新发表于PNAS的文章中，该团队提供了【更多的】证据表明，人为造物说不足以单独解释被检测到的“病毒-人类”复合DNA的量。这些科学家们还指出，部分LINE-1单元【的序列】存在于被整合入的病毒基因序列两侧，这支持了他们的假说。【译者：原文如此，但单凭此点不足以支持它们的假说。LINE-1单元本身的作用就是逆转录子，LINE-1夹杂病毒序列只能说明病毒的基因片段的确是因为LINE-1的缘故被整合入宿主基因组的，但既然研究者们添加了额外的LINE-1，就并不能说明此种整合是自然发生的现象。但根据下文的描述，这个论点似乎与插入序列的方向有关，具体的我得看看论文原文才能判断。建议感兴趣的读者也去看论文原文。】他们还与一位原本的怀疑论者、国立癌症研究所的Stephen Hughes进行了合作。这位仁兄建议他们做一个判断插入的病毒序列相对人类基因序列的方向的实验，来鉴别这种整合到底是真的还是【实验背景】噪音【译者：即由实验方法所导致的不可消除的误差。】。Hughes也是这篇新文章的共同作者之一。他说，实验的结果支持了原来的假说。“【结果显示，】这个分析其实很重要。”

“【新文章中的】细胞培养实验的整合数据要比之前发表在预出版物上的可信得多，但仍不能称得上是确凿无疑。”Feschotte说。他现在将Jaenisch、Young所做出的假说称为“具有可行性”的。（他补充说，SARS-CoV-2在没有整合如人类基因组时也能在体内存在数月。）

但真正的问题是，细胞培养实验的数据是否与人类健康或疾病诊断相关。“在没有证据显示病人体内发生了整合时，我顶多能从这些数据推出，在L1过度表达的被感染细胞系中可能探测到SARS-CoV-2 RNA的逆转录回复【译者：即逆转录得病毒片段在宿主基因修复时被嵌入回宿主基因组】事件。”Feschotte说。“在这个时间点上，有关于这些现象的临床或生物学意义——如果有的话——还仅仅只存在于假设中。”

Jaenisch和Young的团队的确在存活和死亡的COVID-19病人的组织中发现了SARS-CoV-2整合的迹象。具体来说，研究者们发现了一种高剂量的RNA，而这种RNA只有在细胞读取被整合的病毒DNA以表达蛋白质时才会产生。【译者：应该就是被逆转录的病毒序列的mRNA。】但Young也承认：“我们还没有关于此的直接证据。”

一个研究遗留在人类基因组中的“古代病毒”的专家，Fred Hutchinson癌症研究中心的Harmit Malik说，去询问为何那些本应该已经清除了病毒的人们有时仍会在PCR检测中呈阳性是一件很“合理”的事情。但他也对这是否是由整合的病毒所引起的这种解释心存怀疑。“在通常情况下，人类细胞中的逆转录机制微乎其微。”Malik说。

自十二月以来，关于这篇预出版物的争议变得极其“平民化”了。Young与Jaenisch说，他们因为这篇预出版物所收到的严厉批评要比他们职业生涯中的任何其它研究都多，部分是由于一些研究者担心这篇文章会沦为疫苗怀疑论者散步关于刚刚获批的mRNA疫苗的谣言的工具。“如果这世界上有一篇预出版物该被删除的话，那么是此篇无疑！考虑到它完全缺乏相关证据，仅仅是把它放到预出版【网站】上，就是一种不负责。现在这篇文章已经被一些人用来质疑新型疫苗了。”弗吉尼亚大学的微生物学家Marie-Louise Hammarskjöld当时在bioRxiv上的一则评论中这样说。

那么，这篇文章最初的投稿怎么样了呢？Jaenisch说：“他们把它给拒了。”

原文链接：

Further evidence supports controversial claim that SARS-CoV-2 genes can integrate with human DNA | Science | AAAS (sciencemag.org)

论文地址：

https://www.pnas.org/content/118/21/e2105968118